För att tillverka whisky behövs tre ingredienser: säd (korn), vatten och jäst och tillverkningsprocessen består i huvudsak av mältning, mäskning, jäsning, destillering, lagring och buteljering.
Mältning
Under mältningen vill man få fram det socker som finns i kornet och senare ska destilleras till alkohol och det görs genom att först (stöpa) blötlägga kornet i stöpkar där det får ligga i två till tre dagar så att kornet fått en vattenhalt på minst 46% för att efterkommande groningsprocess kan startas.
På det traditionella sättet breds nu kornet ut på ett sten/betonggolv i ca. 30 cm tjockt lager för att få börja gro och processen kallas för golvmältning (floor malting). När kornet börjar alstras ganska mycket värme och för att hålla temperaturen nere och lufta kornet måste det ständigt vändas. Förr gjordes det med spadar och krattor numera har man maskiner till hjälp. Groningsprocessen tar ca. en vecka och det viktigaste för mältaren är att avbryta processen i tid så att inte groddarna som börjat växa förbrukar all stärkelse.
När kornkärnan känns mjuk och mjölar sig är kornet färdigmältat och kallas nu för grömalt p.g.a groddarna som börjat titta fram ur kärnan.
För att stoppa groningen breds nu grönmalten ut i kölnan (kiln) på ett perforerat golv där den ska torkas. På ett destilleri är kölnan den byggnad med pagodatak som är så karaktäristik för nästan alla destillerier i Skottland.
Genom att elda våningen under låter man varm luft/rök stiga upp genom maltbädden så att malten torkas och groningen av bryts. Här påverkar man hur rökig eller orökig den slutliga whiskyn ska bli beroende på hur stor del torv man eldar med. Finns de destillerier som torkar med endast varmluft för att få en helt orökig whisky. Värmen gör också att kornet börjar jäsa och gro och stärkelsen omvandlas nu till socker, när vattenhalten sjunkit till ca. 5% i kornet kyls det ner och är klar och kallas nu helt enkelt för malt.
Mältningen är den kostsammaste delen i whiskytillverkning och numera endast ett fåtal destillerier som fortfarande har sitt mälteri kvar, Balvenie, och Springbank är några som mältar all sitt korn själva, ex. Laphroaigh och Bowmore mältar bara viss del själva. Man köper istället malten från stora mälterier som tillverkar malt helt industriellt efter destilleriernas egna specifikationer.
Mäskning
Den torkade malten/kornet krossas nu till ett grovkornigt mjöl så kallat gröpe (grist) varvid sockret frigörs. Gröpen blandas med hett vatten i stora mäsktunnor (mashtun) med stora lock oftast av koppar. Första vattnet som blandas med gröpen håller drygt 60ºC, efter ca. 20 min. blandas mäsken via dom roterande
bladen som finns placerade i mäsktunnan. Efter ca. en halvtimmes omrörning töms vätskan ut genom dess sil liknande botten och denna vätska kallas nu för vört (wort). Nu fyller man på nytt vatten i mäsktunnan och gör om proceduren men man hettar nu upp vattnet till 70-75ºC för att få ut så mycket socker som möjligt. Man gör proceduren en tredje och sista gång där man nästan kokar mäsken för att få ut det absolut sista ur mäsken. Vörten från de två första baden går vidare till ett jäskar. Medan det tredje badets vatten återanvänds för första badet vid nästa mäskning. Vörten som nu finns i jäskaret innehåller inte någon alkohol. De fasta resterna som finns kvar på mäsktunnans botten kallas drav (draff) och säljs oftast som djurfoder eftersom det är mycket proteinrikt.
Jäsning
Hos många destillerier är jäskaren (washbacks) tillverkade av trä och öppna under jäsningen. Jäskaren tillverkas ofta av lärk eller pinjeträd då de har få kvisthål och är finporiga. På senare tid har det dock blivit populärt med jäskar i rostfritt stål men det finns dom som menar att träet i jäskaret har en positiv inverkan på slutresultatet.
Laphroaig använder rostfritt stål medan tex. Ardbeg och Springbank använder trä. Storleken på jäskaren kan variera från 1000l upp till 200 000l.
Vörten kyls nu ner till ca. 20ºC och man tillsätter jäst och vörten börjar jäsa. Under jäsningen omvandlas nu sockret med jästens hjälp till alkohol och även stor mängd koldioxid vilket gör att vörten bubblar och skummar intensivt samtidigt som temperaturen stiger upp mot 35ºC. Efter några dagar avtar processen eftersom alkoholen hämmar jästens aktivitet och då börjar bakterierna förökas vilket leder till att fler aromer utvecklas bl.a. föreningar mellan syra och alkohol som ger whiskyn lite blommiga toner och även en komplexitet. Jäsningen kan ta från 2 dagar upp till en vecka och resultatet är en mäsk på 5-8% alkohol och det är den som går vidare till destillering.
Destillering
Vid destilleringen separeras alkoholen i mäsken från föroreningar och vatten genom att alkohol har en lägre kokpunkten ( 78ºC) än vatten. När man tillverkar maltwhisky används nästan uteslutande kittelpannor (pot stills) eller enkelpannor. som är tillverkade i koppar. Vanligast är att det finns minst två pannor eftersom de flesta destillerar två gånger. Ett fåtal destillerier destillerar tre gånger (tripple distilled) ex. Auchentoshan, i Irland däremot har man sedan lång tid tillbaka alltid destillerat tre gånger. Det finns tre olika typer av kittelpannor, ”onion still”, ”latern still” och ”boiling ball still” samtliga skiljer sig på hur halsen är konstruerad. Den första på 
minner om en lök med en lång avsmalnande hals medan den andra har en insnörning vid halsens början och den tredje en välvd utbuktning på halsen. Finns även ytterligare en variant som heter ”lommond still” som är tänkt att ge större flexibilitet vid tillverkningen av olika whiskyvarianter. Den har rörliga plattor inuti cylindern med vilka man kan styra mängden återflöde men p.g.a. mycket underhållsarbete och att restprodukter lätt fastnade i pannhalsen har den nästan helt försvunnit, endast destillerierna Loch Lommond och Scapa använder den. Formen på pannan har stor betydelse för whiskyns karaktär, en låg, rund panna ger en tung, oljig whisky, medan en hög och smalare ger en lättare och renare whisky. Koppar anses vara den bästa metallen att bygga pannorna i, det är lättarbetat, klarar av rostangrepp och leder värme bra och en annan viktig inverkan är att koppar tillsammans med alkohol skapar en kemisk reaktion som förhindrar uppkomsten av ogynnsamma svavelaromer i whiskyn. Kopparen nöts av processen och därför måste tjockleken kontrolleras med jämna mellanrum. Formen på pannorna är mycket viktig och man är väldigt noga då man ska ersätta en gammal panna, förekommer t.o.m. att man kopierar den gamla pannans bucklor för att inte ändra på whiskyns karaktär. Mäsken destilleras nu en första gång i mäskpannan (wash still) till s.k. low wines, med en alkoholhalt på ca 20-25 %. Resterna efter denna första destillering kallas ”burnt ale” eller ”pot ale” och används som djurfoder eller gödningsmedel. Den första destilleringen tar mellan sex och åtta timmar. Den andra destilleringen görs i spritpannan (spirit still) som ofta är något mindre än mäskpannan, där destillatet separeras från kemiska föreningar som påverkar whiskyns smak negativt samt att utvinna en högre alkoholhalt, normalt ca. 70%. Vid destilleringen är man endast intresserad av den renaste delen, mellanspriten (middle cut eller heart), Början (foreshots eller head) som innehåller dom flyktigaste ämnena och slutet (feints eller tail) som innehåller mer oljiga ämnen separerar man bort och går med i nästa körning av mäskpannan.
Det är pannskötarens (stillman) uppgift att avgöra när man börjar och avslutar ”middle cut” och till hjälp har han spritlyktan eller spritskåpet (spirit safe). Hur mycket man väljer att ta som ’middle cut’ varierar, destillerier som Glengoyne och Aberlour tar tidigt. Under slutet av ’middlecut’ börjar sent förångade och rökluktande ämnen som t ex finkeloljor uppstå vilket man tar med hos de något kraftigare och rökigare destillerierna som Laphroaig, Ardbeg och Caol Ila.
 |
 |
 |
 |
| Boiling ball still | Onion stil | Latern stil | Lomond still |
Lagring
Lagringen är den del som har störst betydelse på whiskyns slutresultat ca. 60-80% av smaken kommer från lagringen och val av träslag, vad som tidigare lagrats i fatet och fatstorlek har inverkan på whiskyns slutresultat. När det gäller träslag är det framförallt ek som används och nästan uteslutande europeisk ek och nordamerikansk vitek. Whisky i fat av europeisk ek mognar fortare samt får ofta toner av äpple, aprikos och nötter i smaken. I fat av nordamerikansk vitek får whiskyn ofta toner av vanilj, kokos och banan. De flesta destillerier använder ofta begagnade fat som det tidigare varit sherry- eller bourbon i då nya fat oftast har för dominant smak av trä. Vanliga fatstorlekar för sherry är ”Butts” (500l) och ”Puncheon” (545l) och för bourbon är det ”Barrel” (200l) och ”Hogshead” (250l). Har även kommit på senare tid mindre fat där det kan vara storlekar ner till 30 l delvis för att påskynda mognadsprocessen.
Innan man fyller spriten (middlecut) i ekfaten späder man spriten med vatten till ca. 63,5% vilket ger bäst resultat gällande mognadstiden, vid 70% mognar nämligen whiskyn ytterst långsamt. Lagringsfaten är inte helt täta, vilket gör att upp till 2 % av whiskyn avdunstar under lagringen. Den del som avdunstar kallas änglars andel ”angel’s share”. I och med att faten inte är täta kan även luften utanför tränga in i fatet och påverka smaken hos slutprodukten. Således kan en whisky som lagrats vid kusten få en viss smak av salt och tång. Whisky som lagras på hög höjd och lägre temperaturer behöver längre lagringstid än whisky som lagras på lägre nivå och vid högre temperaturer för att nå ”mognad”. Således är inte lagringstiden den avgörande faktorn. En whisky som är lagrad i 16 år behöver inte vara finare än en som lagrats i 12 år. Hög ålder ger dock oftast en fylligare, ”snällare” och mer balanserad karaktär, medan en ung whisky brukar vara mera spritig och burdus. Att låta whisky lagras för lång tid på fat kan även inverka negativt på slutresultatet. Beroende på vad som lagrats i faten tidigare får olika whiskys olika färg. Sherryfat ger en mörkare färg. Spriten är lagligt sett inte Skotsk whisky förrän den har lagrats i minst tre år på fat.
På senare tid har experimentviljan exploderat och väldigt många olika varianter av finishing eller wood finish dykt upp. När man talar om att en whisky har en finish kan den vara lagrad på bourbon i tio år för att t ex avslutas en kortare tid på ex. portvin, sherry, rom, calvados, madeira, marsala eller bourdeaux-fat bara för att nämna några exempel.
Buteljering
Innan whiskyn kan tappas på flaska ska den spädas med vatten till önskad styrka, vanligtvis 40, 43 eller 46 % och det kallas för ”vatting”. En del buteljeringar späds inte utan de tappas direkt på flaska, Cask Strength eller Raw Cask. Det ger en mycket stark whisky, runt 60%, som med fördel avnjuts med några droppar vatten. innan buteljering görs en första filtrering, barrier filtrering. Därefter kylfiltreras (chill filtering) whiskyn ofta innan 
den buteljeras för att göra den klarare och få bort alla svavelpartiklar. Whiskyn kyls ner till mellan -5 till -10ºC då det oönskade ämnena övergår till fast form och lätt kan filtreras bort. Men samtidigt försvinner också smak- och doftämnen vilket kan påverka whiskyns karaktär. Därför har vissa destillerier börjat avstå från kylfiltrering vilket då beskrivs på flaskan som ”Non Chill Filtered”. Vissa brukar tillsätta färgämnet E150 för att göra färgen mer visuellt tilltalande, vanligast i blended men förekommer även i vissa single malt! De flesta destillerier skeppar sina tunnor till stora buteljeringsfabriker bara ett fåtal destillerier, som ex. Glenfiddich, Bruichladdich och Springbank buteljerar sin whisky på samma ställe som den tillverkas samt använder samma vatten som den tillverkas av. Många destillerier säljer tunnor till företag (oberoende buteljerare) som gör egna buteljeringar. Några stora företag är; Signatory, Murray & McDavid, Cadenheads, Gordon & MacPhail och Douglas Laing.